1.利用生物碱的溶解度不同进行分离。如果混合生物碱中某一生物碱含量最多，可以选择合适的溶剂进行重结晶或多次重结晶以达分离目的。

　　2.利用生物碱盐类的溶解度不同进行分离。许多生物碱的盐比其游离碱容易结晶，所以常利用此性质以达到分离目的。

　　3.利用生物碱的碱性强弱不同进行分离。可于混合生物碱盐类的水溶液中加入弱碱碱化，碱性弱的生物碱游离，碱性较强的生物碱仍为盐溶于水，而游离碱容易用有机溶剂提取，也可将总生物碱溶于有机溶剂，以不同pH的稀酸液(由高到低)顺次提取(pH梯度萃取)可使生物碱依次被萃取。

　　4.利用生物碱分子中带功能团不同，用化学反应进行分离。

　　5.层析法。可用氧化铝吸附柱层析、硅胶分配柱层析、离子交换层析、凝胶层析、高效液相层析、气相层析。大量分离可用前三种方法，微量分离可用后二种方法。

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